Читать переменные окружения gradle умеет:
System.getenv("HOME")
А вот устанавливать - нет, метод а-ля System.setenv() отсутствует. Однако, в задачах, запускающих отдельный процесс, можно установить переменную окружения для этого отдельно стартующего процесса, например:
task('myTask', type:Exec) {
environment "FOO", "bar"
workingDir '.'
commandLine 'cmd', '/c', 'print.bat'
}
